Se da un lato l'introduzione della tecnologia può portare dei benefici concreti all'attività amministrativa, quali l'interoperabilità, la sburocratizzazione delle procedure, la riduzione degli sprechi (quindi maggiore efficienza), ecc., dall'altro l'implementazione di reti, e altre tecnologie analoghe, può comportare problemi dal punto di vista della sicurezza; per evitare accessi indesiderati alle informazioni è quindi utile adottare forme di protezione del sistema attraverso l'utilizzo di password, oppure identificando in maniera univoca l'utente che invia o accede alle informazioni attraverso la firma digitale.
Un importante concetto nell'ambito delle applicazioni per l'e-government e della cooperazione applicativa è quello della porta di dominio.
